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低聚寡糖有顯著的生理活性，在醫藥、食品、農業和化妝品領域已顯示出潛在實用價值。用纖維素酶來降解殼聚糖，得到的是六糖至十糖。用排阻色譜可將殼聚糖低聚混合物中聚合度為15的低聚糖分離出來。對低聚寡糖也可進行衍生化，如將殼三糖與三甲基縮水甘油氯化銨反應，所得目標化合物有非常強的抗菌活性。

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殼聚糖對大腸桿菌、熒光假單胞菌、金黃色葡萄球菌、枯草桿菌等有良好的抑制作用，并且還能抑制鮮活食品的生理變化。殼聚糖天然無毒，適用于偏酸性及含蛋白質少的食品保鮮，遇高分子和離子性復合物可凝集。例如水果的防腐保鮮，用量為醋酸0.1%+殼聚糖0.05%-0.1%。

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殼聚糖（chitosan）甲殼素N-脫乙酰基的產物，甲殼素（幾丁質）、殼聚糖、纖維素三者具有相近的化學結構，纖維素在C2位上是羥基，甲殼素、殼聚糖在C2位上分別被一個乙酰氨基和氨基所代替，甲殼素和殼聚糖具有生物降解性、細胞親和性和生物效應等許多獨特的性質，尤其是含有游離氨基的殼聚糖，是天然多糖中的堿性多糖。

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甲殼素在反應中生成帶正電荷的陽離子基團，這是自然界中存在的帶正電荷的可食性食物纖維。甲殼素食物纖維單獨食用是不易被消化吸收的，如果與牛奶、雞蛋、蔬菜、植物性食品等一起食用就可以被吸收，這是因為在殼糖胺酶、去乙酰酶（在植物和腸內細菌中存在）、溶菌酶（體內存在）及卵磷脂（牛奶、雞蛋中存在）等共同作用下甲殼素可以被分解成寡聚糖，低相對分子質量的寡聚糖可以被吸收，吸收部位主要在大腸。